L'État de la Cité du Vatican a suivi une politique de neutralité pendant la Seconde Guerre mondiale, sous la conduite de Pie XII. Bien que la ville de Rome soit occupée par l'Allemagne à partir de 1943 et les Alliés à partir de 1944, la Cité du Vatican, elle, reste libre.
Si au début de la guerre, le Vatican renforce de façon importante son dispositif de sécurité, ses forces armées ne sont pas en mesure de rivaliser avec la division SS qui vient occuper Rome en septembre 1943. Le Vatican se prépare alors à une invasion de son espace privé, il cache et détruit les documents sensibles, organise une fuite des personnages-clés et interdit à la garde de lutter par les armes si les Allemands franchissent la « frontière ». Aujourd'hui encore, il n'y a pas de consensus chez les historiens pour savoir si Hitler envisageait sérieusement d'investir le Vatican et de capturer le pape.
La cité du Vatican durant la guerre devient une terre d'espionnage importante où toutes les puissances cherchent à percer l'action du pape. Si le pape, très vite, s'abstient de toute déclaration publique forte contre les dictatures, plusieurs historiens, dont Saul Friedländer, décrivent Pie XII comme quelqu'un de relativement complaisant avec le régime fasciste de Mussolini, Hitler et l'Axe de manière générale. D'autres historiens comme Pierre Milza rapportent l'aide apportée par le pape comme relais de transmission secret entre la résistance allemande et les Alliés dans le projet des résistants de renverser Hitler. L'attitude de Pie XII envers le Reich reste un sujet controversé.